箱内过滤器有过滤砂层和小型循环水过滤泵两种。

砂层过滤法是利用水族箱底部的砂层培养硝化细菌，通过硝化细菌的生理功能来净化水质。其优点是水质一旦转清，就能较长时间地保持水质的稳定。缺点是净化水质的时间较长。砂层过滤法多见于以展览观赏为主的水族馆。是一种辅助性的生化过滤法。其制作工艺过程是：在水族箱底部排放塑料管道网，塑料管道每10厘米锯割一个细缝，水族箱底安装一个出水口，然后在底部管道网的上面覆盖两层纱窗网，再在纱窗网上铺满面10~20厘米厚的碎石料或珊瑚砂作砂层过滤床。

水族箱底部的出水口用管道接一个机械抽水泵，这样砂层过滤管道网安装完毕。其原理是：当抽水泵工作时，水族箱内的水通过砂床渗透到底部管道中，并通过底部管道网汇入出水口，抽水泵将水族箱中的水抽出并通过管道重新注入水族箱中，使水族箱内的水形成环流动状态。