清晰与混浊在水草缸中，水草、鱼虾、微生物三者是相互共存的，当生态达到良好的平衡状态时，水质则呈现闪烁的透明水。

在旧水缸水质产生变化，或新设缸生态尚未健全时，易发生水质混浊；虽然在更换新水後的一段时间水质会澄清，经数小时後仍呈混浊状态，其原因是未经消毒处理的新水注入或新鱼只、新水草移入时，所附著的浮游生物、藻类、藻类孢仔、原生动物........等进入水缸；或鱼饲料的投入超量，沉淀腐败有机物及细菌在突然间增多时，原来水缸中正常量的微生物群一时无法分解过多的有机物，而使得水质恶化，导致水质混浊。严重时尚带有异味散发于空气中。

白浊的水质白浊的水质通常出现在初设缸时，一般多是因为原生动物的繁殖，造成水质白浊，但也有少部分是因为使用砂石中所含石灰质造成的白浊现象。

一般性状况为初设缸後次日起，因水中生态未建立，显现白色水质，倘未予即时处理时，至第四天水质便成走动状（水流）的白云雾状。

生物性的白浊发生原因初设缸的鱼饲料投入过剩，过滤器内的硝化菌稀少，在同一时间内无法分解多量的有机物，引起剩余有机物的超量现象，使以有机物为食物的浮游生物繁殖，当浮游生物繁殖多量时，捕食浮游生物的原生动物就出现，当原生动物的繁殖数量多，整缸的原生动物所呈现的就是白浊的水色，此乃导致水质白浊的因素。

另外，附著于砂粒中的浮游生物遇水後即大量繁殖，因而捕食此浮游生物的原生动物会大量繁殖，也是造成水质混浊的原因。

其他如；生鲜冷冻的红蚯蚓、活水蚤或活丝蚯蚓等，未经消毒就予以投饵入缸，所带入之浮游生物繁殖，造成原生动物数量增多，亦为混浊原因之一。