蛋白质分离器的优点：

1、它不是过滤器，而是一台简单的机器；

2、它能在有机物分解成有毒废物前将她分离，减轻了生化系统的负担；

3、增加水中的溶氧量。

蛋白质分离器的缺点：

1、会氧化水中的微量元素，如铁、钼、锰等重要的微量元素；

2、会造成盐分的丧失；

3、海水被雾化后会无孔不入，且腐蚀性很强；

4、在增氧的同时会排出CO2——珊瑚必须的。

虽然蛋白质分离器有许多优点，但它最多只能清除水循环中80%的有机新陈代谢产物。为了达到更佳的效果，蛋白质分离器必须同时配合使用臭氧机。

水中也含有一些蛋白质分离器所不能分解的物质，包括血浆蛋白之类的蛋白质，以及氨基酸中蛋白素的某些成分。通常蛋白质分离器只能清除30%到50%的物质。若要蛋白质分离器愈活跃，它所需要的动力就愈多。