新池症候群并不是一种特定的鱼病，而是一种用新水养殖初期所引起之症状。例如，新设养殖池养鱼或旧的养殖池重新放水养殖，最初都会发生这种症状。尤其在新设养殖池中发生新池症候群的比率最高，因此才有这名称的由来。症状本身所代表的含意，就是用新水养殖是危险的。然而，很多人宁可相信那不是事实，因为他们认为新水应该是最干净的水体，怎会危害到鱼苗的安全，但问题就出在这里，以致育苗池发生了新池症候群而不自知，可能使业者蒙受严重的损失。事实上问题不在于新水或旧水，而在于养殖环境中微生物的生态平衡系统是否有真正的被建立，因为它关系到池水的自净作用是否发挥功能，即有毒的NH3是否能被硝化细菌转换为无毒性的NO3－，以及NO3－是否能被脱硝细菌转换为氮并重新释放于大气中，以完成生态系中的「氮循环」。

不过，由于氮循环中的脱氮作用（denitrification）对养殖水质的影响不大，因此一般都将焦点集中在硝化作用（nitrification）是否充分发展的基础上。可以确定的是，凡是新水养殖，养殖初期水中微生物的生态平衡系统是无法马上被建立的，这么一来，细菌分解鱼苗排泄物的副产物（NH3），就很容易在池水中被累积下来（因NH3的化学性质安定又易溶于水中），当其浓度达到危害鱼苗的浓度时，可能导致急性中毒死亡或衍生严重的疾病发生。不管是分解有机废物的异营性细菌或分解NH3 的硝化细菌，它们都是无所不在的，即使在新设育苗池中，刚放水未养殖之前，水中早已有这两类细菌存在，只是它们的数量可能不多罢了。当将第一次鱼苗饲料喂养后不久，这些细菌就活跃起来。大约只需数分钟的时间，异营性细菌就开始摄食现存于育苗池内的有机废物，并开始释出高毒性的NH3。这种有毒的物质，可视为是异营性细菌的排泄物，系育苗池必然之自产物。接着，硝化细菌再以异营性细菌的排泄物为食，并将NH3 转化为无毒的NO3－。

理论上，由于这两类细菌的良性互动关系，为养殖环境塑造一个自净基础，遂使止水式的鱼苗培育过程得以顺利进行，不过，美中不足的是，这两类细菌的繁殖速率差异性极大，使培育初期的数量过于悬殊，因而造成净水功能不彰，甚至潜伏相当危险性。就硝化细菌而言，一般的世代时间，约24 ~ 36 小时，相较于异营性细菌的约20 分钟，显然慢得极多。如果以这样的繁殖速率估算，则一个硝化细菌在24 ~ 36 小时期间仅可以变成两个，但一个异营性细菌在10 小时内就可以变成一亿个。由此可见，两者相差是极为巨大的，而且随着时间的拉长，其间差距更为可观。异营性细菌繁殖数量大幅增加后，当然它的排泄物（氨）也跟随增加。当NH3 的浓度超过硝化细菌所能消耗的范围以外，这种有毒的物质就开始在水中被迅速累积下来，不出数日，NH3 就可能被累积到危害鱼苗的程度。此时新池症候群开始发生，并出现症状：包括鱼苗食欲减低、呼吸急促、行为怪异体色反常等。再过一段时间，水中的NH3 可能累积到足以使鱼苗致死的浓度，于是育苗池中的鱼苗，不是纷纷死亡，就是衍生病害。根据一般石斑鱼繁殖业者表示，约有80﹪以上的稚鱼在大约饲育10 天后即告夭折，尤其在开始摄食后的第5 ~ 7天处于死亡最高峰，因此新池症候群对稚鱼的育成率可能有很大影响。新池症候群必须等到硝化细菌的数量，繁殖到一个足以消费高浓度的氨之后（通常约30 天左右），才可能有明显的改善。盖硝化细菌愈多，就愈能有效地消费氨，于是这种有毒物质的含量就会减少，一直减少到不足危害为止，此时所谓的新池症候群的肆虐期也暂告终止。

综合上述讨论，可知新池症候群的危险性，是自初次喂食鱼苗后不久就开始蕴酿，及至异营性细菌繁殖数量到达最高峰时，为症状的最危险时期。之后，由于硝化细菌的数量越来越多，故有能力使氨的浓度下降，并在经过一段时间后，降至安全范围之内。换言之，新池症候群所出现的症状，其实就是氨中毒的翻版；只要能消除池水中的氨，新池症候群应该不会出现。