值得注意的是，如果为了治疗鱼病加入化学治疗剂而伤到硝化细菌，使硝化细菌的数量减少，很可能也会引起新池症后群的症状，因为养殖池中的氨在鱼病治疗后又会像新池一般被逐渐累积下来，必须等到硝化细菌长到原来的数量之后，这种危机才会获得抒解。

对硝化细菌来说所谓的抑制剂（inhibitor）是指能延滞或阻止硝化细菌发生硝化作用的物质。养殖池中的抑制剂主要是一些用于治疗鱼病的化学治疗剂（chemotherapeutic agent），当它们被加入养殖池后，可能会使活在养殖池内的细菌受到伤害，并且也一并波及再循环水处理系统中的细菌（Collins et al.，1975；Bower and Turner，1982）。

由于化学治疗剂会危及硝化细菌的安全，因此在添加时必须特别小心，以免硝化细菌受到严重的伤害，而间接影响硝化作用的效率。化学治疗剂的种类很多，而且各具有独特的性质，为适应使用的目的不同，应选择适合的药剂，如果选择不当，不仅得不到预期的良好效果，反而遭受到药害、减产时损失。

为了协助水产养殖业者对化学治疗剂能有更妥善的选择，某些研究学者曾取若干普通的药剂之成份用于作硝化细菌的危害测试，并获得一些具体的结果。从这项研究中，我们发现亚硝酸菌及硝酸菌对药剂的敏感性并不完全相，即有些成份对一种菌有害，但对于另一种菌却无害，不过也有一些成份对两者都有害。

举例来说，氯酸钠（NaClO3）就对硝酸菌具有选择性的抑制作用（selective inhibition），但对亚硝酸菌却没有明显的影响（Belser and Mays，1980）。 2-丙烯基硫（2-propenyl-thiourea）对亚硝酸菌有害，但对硝酸菌则无显著之伤害（Hooper and Terry，1973）。次氯酸盐（ClO2－）对两者都有强烈的抑制性（Hynes and Knowle，1983）。这些成份可能存在于一般化学治疗剂中，通常只要依照药剂的标准施用量，其浓度就足以对硝化作用产生抑制现象。

硝化细菌所面临的抑制剂除了来自于外加的化学治疗剂外，有时也来自于细菌所产生的代谢废物。这些废物如果在水中的浓度偏高，同样会对硝化作用产生抑制现象。最有趣的例子就是氨及亚硝酸。分子性的氨是亚硝酸菌的食物，但如果它的浓度大于或等于10～150ppm就可能会抑制亚硝酸菌的硝化作用（Antho-nisen et al.，1976）。硝酸菌对氨更敏感，只要浓度大于或等于0.1～1.0ppm就会有抑制现象发生（Anthonisen et al.，1976）。在酸性水质中，亚硝酸盐浓度若大于或等于0.22～2.8ppm亦会抑制硝酸菌的硝化作用