臭氧和下面所要介绍的紫外线都是用来杀菌消毒的设备，是另一种类型的过滤器，它的消毒方式是物理性的，与化学消毒剂不同，它们仅对活体生物有效。而且对遗留物不产生后遗症。

臭氧为三个氧原子组成(普通氧气的分子是由二个氧原子组成)，是氧气的同位素，易溶于水，有极强的氧化能力。以臭氧来处理水可以杀死水中百分之百的漂浮性微生物包括藻类、藻尖孢子、细菌及原生虫，还能除臭，抑制藻类生长，预防黄色物质的积累，并能参与分解有机质，减轻过滤系统的负担。臭氧破坏有机质与无机离子的方式有两种：其一是臭氧的氧化作用，直接氧化不饱和有机化合物和色素化的有机物，或含有胺基的某些有机物；其二是由臭氧分解成的自由基所完成，臭氧在一定的条件下会先行分解成氧化氢、  氢氧离子、负离子氧(O 一)、臭氧(O一3)等自由基。再藉着这些自由基氧化水中的有机物及无机物。

臭氧的产生有两种方法①光化学反应，即利用紫外线(1000A～2000A)来刺激O2产生O3；②利用高电压电流放射式刺激O2产生03；我们多利用后者来制造O3，它产率人而且易制造和控制O3的产量。

臭氧在水中的释放量一般控制在0．1 ppm的安全范围内，当水族箱中鱼病或藻类问题严重时再酌量加重剂量。我们可以使用氧化还原电位计来控制臭氧的释放量。前面我们讲到对于一个正常水族箱中海水的氧化还原电化值在300mv～350mv之间，当氧化还原电位值低于300mv时，表明水中好氧性的微生物菌已被厌氧性的微生物菌抑制，即是氧化受到抑制，水质即将变坏，这时就必须增强水中的氧化能力抑制厌氧性的微生物菌的生长，必须增加臭氧的输入量，使水中的氧化能力恢复到正常值。

臭氧机最好能配合泡沫分离器一起使用，不但泡沫分离可以提供一个单独的空间让臭氧与水充分接触并保持相当高的浓度，而且也会提供一个较长的臭氧与水接触的时间，使单位量的臭氧量的作用更为有效。也可以配合紫外线杀菌器共同使用。

还有一点必须提醒诸位，过多量的臭氧不但会杀死微生物细菌也会对水族箱中的水生物产生消极的影响，曾在病理切片上发现臭氧对鱼的鳃部上细胞及动脉血管形成的破坏，以至臭氧改变了血液的组成型态，杀死白血球。我们必须严格防止臭氧进入水族箱的海水中，而且也防止臭氧进入生物性的滤材中，因为臭氧也会杀死栖于其中的硝化菌、微生物。所以在臭氧处理器的后端(或加臭氧的泡沫分离器的末端)应设一个装有活性碳的后处理器，利用活性碳将反应器内剩余的臭氧吸收掉，以确保平安。