过滤系统是水族饲养设备的关键，饲养水族的爱好者可以根据不同的饲养目的、不同的水族种类摒弃照明灯具、增氧设备、药品药剂等水族器材的选购，但维护水质的稳定无疑是成功饲养各种水族生物最重要的一个环节，所以，了解过滤系统的内容是很有必要的。
1.水族箱顶部过滤器：是一种放置在水族箱顶部的机械式过滤装置。通过小型抽水马达将水族箱内的水抽入已放置的活性炭、陶瓷环、生物球以及过滤棉等组成过滤层的过滤箱内，水流通过过滤层再流回水族箱中，从而脱除水质中所含杂质，启到净化水质的效果。
优点：充分利用水族箱顶部的剩余空间放置而不占地方，日常维护操作、清洗十分方便，并且并且价格十分低廉。
缺点：过滤范围不大，并需要定期清洗、更换过滤材料，防止过滤层中的空隙间因积聚过多的杂质而影响水的循环流动及过滤效果。
评点：适合初次饲养的水族爱好者以及裸缸饲养的爱好者选购使用。
2.沉水式过滤器：是一种直接在水族箱中使用的过滤设备，根据过滤效果、制作工艺的不同主要分为生化棉过滤器、机械式过滤器、生化机械式过滤器几种。
生化棉过滤器：水质中的残余饵料、生物排泄物，以及物理作用而被破坏的有机物质均可被吸附于海绵体表，而海绵体表、内部由无数的微细孔可促进好氧细菌的繁殖，因物理作用而被破坏的有机物质在通过充分含有氧气的水质时，好氧细菌会因为分解被破坏的有机物质而消耗氧气，而被消耗的氧气需要通过空气泵、潜水泵产生的动力来补充。
优点：接合物理、生物过滤的两大性能优点。
缺点：不适用于大型水族箱的使用。
评点：适合在繁殖期、隔离治疗期的小型水族箱进行过度使用。
机械式过滤器：由一个内含滤棉和抽水马达的封闭式过滤器，将水引导流经滤材，进行简单的物理作用来处理水质中的杂质，达到净化水质的效果。
优点：体积小，占用水族箱空间有限，清洗方便。
缺点：滤棉的清洗时间间隔较短，过滤循环范围不广。
评点：适合在较小型水族箱中使用。
生化机械式过滤器：过滤器先滤除水质中所含悬浮悬浮浊物，再通过滤材中的好氧细菌进行生物性分解水质中的杂质，达到净化水质的效果。具有代表性的是德国JUWEL（黑钻）系列过滤器产品。
优点：过滤性能极佳，值得推荐使用。
评点：适合各种类型的水族箱的使用。
3.底板式过滤器：
过滤板设于水族箱底部，板上留有插放通气管的孔洞，插上塑料管。过滤板上面铺设砂石。塑料管连接充空气泵、潜水泵带动水流经过砂石，利用砂层中存活的好氧细菌进行生物过滤，并保持水质中充分的溶氧量。
4.外置式过滤器：是一种分离放置在水族箱外部的过滤器，可根据不同需要放置不同滤材进行不同效果的过滤。
优点：不占使用空间，维护简单。
缺点：耗费水质中的溶氧量较大。遇到停电的事故将导致密封于过滤槽内滤材上附著生长的好氧细菌在短时间内死亡。
评点：适合各种类型的水族箱的使用，值得推荐使用。
流砂式生物过滤器：通过潜水泵带动的水流搅拌过滤槽中的砂层，充分提供溶氧量的同时。
优点：不占使用空间，维护简单，彻底免除清洗、更换滤材的麻烦。
缺点：需要其他动力装置带动，并需要其他过滤装置预先滤除水质中悬浮的杂质。
评点：适用于新设的水族箱、水质极度恶化的水族箱使用，可快速培养硝化细菌，进行生物过滤。
滴流式过滤器：在滤材中使用多孔性、有大表面积生物过滤球作为主要滤材，与普通滤材比较，虽体积相同却有更大面积以培养好氧细菌，称为硝化菌，水先流经由生物过滤球上所培养的好氧细菌分解含氮化合物等物质。
优点：虽然是一种古老的水质处理原理，但简单而科学的过滤原理构成的过滤系统依旧是当今水族科技最先进、过滤效果最佳的过滤器，完美结合了生物、化学、物理性过滤的各项优点，并且不会造成水质中任何养分的流失，操作维护十分便捷，而适宜任何水族生物饲养的过滤。
缺点：除非自己动手制作，否则整体购买的价格过于昂贵。
评点：专业级水族爱好者的首选。
