氨(Ammonia-NH3)
主要来源於被氨化(Ammonification)後的溶态有机物(Dissolved Organic Compound-DOC)。 在珊瑚缸中, NH3的含量应当保持於零ppm。 有许多不同的方法减少NH3, 如下:
- 市场上有吸收NH3的物料卖, 如 Hagen 的 FLUVAL mmonia Remover
- 蛋白质分离器(Protein Skimmer)能有效地减少DOC, 从而减少NH3的产生
- 换水能减少DOC, 也能减少NH3的产生
- 减少过量喂饲能减低DOC的产生
- 增加硝化菌(Nitrosomonas)数量, 硝化菌通过氧化将NH3转化为NO2。 这其中增加生物石和水流动能简单有效地增加硝化菌。

亚硝酸盐(Nitrite-NO2)
主要来源於硝化作用(Nitrification)与反硝化作用(Denitrification), 由硝化菌通过氧化将NH3转化为NO2, 或少量由没有气氧能生活的细菌经过反硝化作用将NO3转化为NO2。 在珊瑚缸中, NO2的含量应当保持於零ppm。 NO2和NH3的含量成正比的, 只要能控制NH3含量, 一般不需要担心NO2。

硝酸盐(Nitrate-NO3)
NO3的出现是一个比较复杂令人头痛的问题。 一般认为不是高NO3的出现影响珊瑚, 而是由於同时出现的硝酸(Nitric Acid)对pH的改变而影响了珊瑚。 在硝化作用後由硝化杆菌(Nitrobacter)通过氧化将NO2转化为NO3。 在珊瑚缸中, NO3应该保持不多於1 ppm, 但同时高NO3(不多於10 ppm)也可能会使珊瑚快速增长。 只是这高NO3同时硝酸的出现可降低pH和dKH, 导致钙化减低。 如NO3处於高水平, 就需要定期测试钙和dKH。

NO3可自不同来源, 但主要来源於喂饲, 特别是喂饲鱼类。 喂饲珊瑚或其余生物用的液体食物和维他命也可能形成NO3, 同时自来水亦可含NO3。 有许多不同的方法减少NO3, 如下:
- 市场上有吸收NO3的物料卖, 如 Seachem 的 Denitrate
- 蛋白质分离器(Protein Skimmer)能减少氨基酸(Amino Acid), 从而减少通过硝化作用所产生的NO3
- 装独立的水草缸能直接和间接地减少NO3
- 增加食草动物(如食苔蜗牛,海胆, 或苔草鱼类等等)能间接地减少NO3
- 使用RO滤水过滤自来水

磷(Phosphate-PO4)
磷对珊瑚缸是相当重要的, 但过量(越过 0.1 ppm)会导致问题绿苔的出现。在珊瑚缸中, 磷越过80%以无机磷(Inorganic Phosphate)出现。 这些无机磷一般藏在珊瑚缸的沈积物中。 磷可自不同来源, 其中喂饲和自来水是主要来源。 有许多不同的方法减少PO4, 如下:
- 市场上有吸收PO4的物料卖, 如 Two Little Fishies 的 PhosBan
- 蛋白质分离器(Protein Skimmer)能有效地减少有机和无机磷
- 清除缸中的沈积物
- 定期地去掉水草缸部分的草
- 使用RO滤水过滤自来水

矽酸盐(Silicate)
主要来源於自来水。 矽酸盐对珊瑚缸是相当重要的, 但过量会导致啡苔的出现。方法减少矽酸盐如下:
- 市场上有吸收矽酸盐的物料卖, 如 Aquarium Pharmaceuticals 的 Phos-Zorb
- 使用RO滤水过滤自来水