在水族缸中，氨的累积浓度与养鱼数量成正比，与水量成反比。因此养鱼数量越少，水量越多，氨的累积浓度一定较低。若明白这道理，我们也可以一边养鱼，一边进行硝化系统之建立。此种从养鱼过程中建立硝化系统，可称得上是最自然的建立方法。

本法为在一定水量中，利用对养鱼数量的控制，使氨的累积浓度不足以达到危害鱼类的程度，但仍能够作为有效培养硝化细菌的能源。在实际操作时，必须将欲饲养的鱼类分成若干阶段放养，使每阶段在放养期间，氨的累积浓度都能控制在安全范围之内。如此一来，就不致于发生氨中毒事件，而硝化系统也能在最后的放养阶段被建立起来。

具体的作法如下：假设在一定量水体中鱼类合理的饲养量是12只，我们可以考虑在45天以内分三批放养（因硝化系统之自然建立通常约需要45天左右的时间）。例如，每个隔约15天放养一批。第一批只放养二只，第二批放养5只，第三批放养7只。在放养期间，喂食一切正常，不必减量喂食，但仍需定期局部换水，同时最好再配合氨及亚硝酸盐的检测。在这过程中，可以不必添加任何硝化细菌制剂（硝化细菌会自生）。