氨化作用是指鱼排泄物（如粪便）或残饵，经由「氨化细菌」（异营性细菌之一）分解之后，将其中可利用之残留蛋白质转化成氨之作用。经由氨化作用之运作，可将排泄物及残饵清除，但却将副产的氨释放于水中，它可能对鱼类造成严重的伤害。所幸，藉由硝化细菌之硝化作用，能把水族缸所衍生的氨消除，最后让水质得以有获得净化之机会。

氨化作用是由氨化细菌来执行的，这类细菌能在水族缸中自生。由于它们的生长及繁殖速度极为快速，在水族缸中能迅速形成庞大的族群，并能够很有效率地分解有机废物，使有机污染指数（如BOD）得以降低，不过却将氨直接排泄于水中。这时候如果没有足够的硝化细菌数量，藉以发挥更高效率的硝化作用，把这些氨及时消除掉，那么氨的生产速度必快于被消费速度，易使氨在水族缸中造成累积现象，进而发生毒害问题。

在水族缸中，硝化细菌的来源，就如同氨化细菌一般亦能自生，而且也能形成另一庞大的族群，不过这得需要一些时间才行！因为硝化细菌的生长及繁殖速度相当缓慢（比长在玻璃上的青苔还慢），所以在鱼类放养初期，经常无法繁殖出足够硝化细菌数量，藉以进行有效率的除氨功能。职是之故，鱼类发生氨中毒事件，主要是在鱼类放养初期造成的（新缸症候群）。例如，有些人把新买的鱼，一次悉数放养至新布置的水族缸中，大约过了一星期之后，鱼就开始一只只的暴毙，虽然令人感到有些心疼，不过会发生这事件可是一点也不意外。