■ 硝化细菌，俗称：A菌、硝化菌。适用于各种海、淡水的水质处理辅助。
   
水族箱中如果没有硝化细菌的存在，必然会面临氨含量的激增的危险，不论您采用何种方法或任何水族用品用品都不能彻底解决这个问题。当水中的氨浓度达到水族生物致命浓度时，对于任何一种水族生物而言，结果可能都是一样的--那就是死亡，这时您一定会心疚不已。但如果水中含有足够数量的硝化细菌为您不断地解除水中的氨，则整个水族生态平衡系统的稳定性将获得确保，并使水族生物安全地生活于水族箱中。
   
硝化细菌是一种好氧细菌，能在有氧气的水中或砂砾中生长，并在氮循环水质净化过程中扮演着重要的角色。它们包括形态互异类型的一种杆菌、球菌以及螺旋型细菌，属于绝对自营性微生物的一类，包括两个完全不同代谢群：
1.亚硝酸菌属（Nitrosomonas）：在水中生态系统中将氨消除（经氧化作用）并生成亚硝酸的细菌类；亚硝酸菌属细菌，一般被称为“氨的氧化者”，因其所维生的食物来源是氨，氨和氧化合所生成的化学能足以使其生存。
2.硝酸菌属（Nitrobacter）：可将亚硝酸分子氧化再转化为硝酸分子的细菌类。硝酸菌属细菌，一般被称为“亚硝酸的氧化者”，因其所维生的食物来源是亚硝酸（但也不一定是亚硝酸，其他有机物亦有可能），它和氧化合可产生硝酸，所生成的化学能足以使其生存。
   
因这些硝化细菌能将水中的有毒的化学物质（氨和亚硝酸）加以分解去除，故有净化水质的功能。不过需要注意：硝化细菌在水质pH中性、弱碱性的环境下发挥效果最佳，在酸性水质中发挥效果最差。

■ 光合细菌（photosgnthetic bacteria，简称“PSB”），俗称：B菌、光合成红菌。适用于各种海水的水质处理辅助。
   
光合细菌是一种水中微生物，因具有光合色素，包括细菌叶绿素和类胡萝卜素等，而呈现淡粉红色，光合细菌能在厌氧和光照的条件下，利用化合物中的氢并进行不产生氧的光合作用。
   
光合细菌可以在某种污染环境下生存，并担负着重要的净化水质的角色。但只有在生存生存环境和污染物质符合其生理、生态特性时，才会发挥其作用，否则很难获得预期。例如：在无光或者有氧环境下，光合细菌就很难发挥效果。
   
在水族箱中由于高密度养殖，投饵不当造成的饵料过剩堆积、水族生物的排泄物等等，往往会造成底砂床有机物堆积过多，而使底砂床受到严重的污染。经底砂床上的微生物将有机质分解，会释放出一些对水族生物有毒的物质，例如：氨、亚硝酸及硫化氢等等。当这些分解产物的浓度增加时，就会导致水族生物中毒死亡。
   
水族箱中若存在光合细菌，它将那些有机质或硫化氢等物质加以吸收利用，而使耗氧的异营性微生物因缺乏营养而转为弱势，因而降低发生有毒分解产物的机会，同时，底质中的水质借以得到净化，而促使养殖的水族生物的健康成长。
   
目前，水族市场出售的光合细菌，主要是光能异营型红螺菌科（Rhodospirilaceae），特别是其中的红假单细胞属（Rhodopseudomonas）的种类。这种光合细菌在不同的环境条件下，能以不同的代谢方式，有效地净化水质。需要注意：光合细菌在水质pH8.2～8.6的环境下发挥效果最佳，因而比较适合在海水水族箱中使用。