顾名思义就是放入水族箱内使用。从沉水过滤棉式的简单型到附有沉水马达的大型机种，种类五花八门。而为了不妨碍水族箱，多以轻便型设计为主。相比之下，过滤面积也较其他种类的过滤器小，比较适合小型水族箱，但用于大水缸时，可以适度制造水流，当作物理性过滤器去除水中残饵或废物。美中不足的是必须经常清洗，其次因为动力马达沉在水中，马达产生的热气会传到水中，夏天时温度会上升。