在决定好水族缸安置的位置后，将水族缸清洗干净，放置在预定的地方，将三分一至二分之一的砂石，与适量的红土及草泥丸充分混合后，铺于水族缸底层，然后把所剩的砂石铺于沙石之上。砂石的厚度依水草种类不同而略有厚薄之差，一般以6～10cm厚度为佳。如果砂石铺得太薄，则水草安全性差，浮力大的水草就容易浮上水面；但若铺得太厚，则会造成底层不易对流循环较差，易引起底层水的腐败。为解决水流循环不佳的问题，可在水族缸底部加装底部加温线，由热传导促进缸底水温对流（此法在海外甚为流行）。使用此法的优点是利用水族缸底的水温所造成的缓和对流，使底砂的养份能被水草充分吸收，且可防止水质腐败。

整个水草种植完成后，便可开始加水，为防止底砂在加水时的流失与破坏而引起水的混浊，可在砂石上放置盘子或塑料布，再将水缓缓注入缸中。加水至某个高度后，再将部分混浊水抽出，然后再继续加水。如此重复几次，可确保水族缸中的水的清净。