底部过滤始终是一个争论不休的话题。有些养鱼者认为底部过滤有碍水草的生长：流经底沙的水流冲走了植物赖以生存的养分；其次，多数植物根部耐温程度低于叶片，因此水族箱中均衡的水温不利植物生长。相反的，赞同使用底部过滤的人则坚持，只要底沙有一定厚度，且砂粒粗细合适，流量适中，对植物不会产生不良影响。事实上，底部过滤有助职务分解，吸收水中养分。