水族箱过滤器通常有两种：箱内砂层过滤和箱顶小型循环过滤。

砂层过滤法主要用于大型水族箱，它是利用水族箱底部的砂层培养硝化细菌，通过硝化细菌的生物功能，分解水中的有机物颗粒，达到净化水质的目的。其制作过程是在水族箱 底部排放pvc塑料管道网，塑料管道每10厘米锯割一个细缝，水族箱底部安装一个出水口，在塑料管道网的上面覆盖两层纱窗网，再在纱窗网上面铺满10-20厘米厚的碎石料或珊瑚砂作砂层过滤床。水族箱底部的出水口用管道连接抽水泵，抽水泵的出水口安装在水族箱顶部两侧。当抽水泵工作时，水族箱内的水通过砂床渗透到底部管道中，并通过底部管道网汇入出水口，抽水泵将水抽出，并通过管道重新注入水族箱中，这样水族箱中的水就形成循环流动状态。

小型循环水过滤泵主要用于单一水族箱，它是家庭观赏鱼水族箱净化水质的主要设备。它的长度0.5米左右，可放在水族箱顶端。过滤槽内底板带有网孔，上面铺一层海绵，或将活性炭装袋放入过滤槽中，过滤槽的进水口是通过一段弯曲的塑料管，接到一只小型潜水泵上。接通电源后，潜水泵将饲水抽到过滤槽中，这样水族箱的水就形成了一段循环流动状态。小型循环水过滤泵一般每天使用6小时，水质就可以由浑浊变为澄清。过滤材料海绵一般每周要清洗1-2次，活性炭每1-2个月要清洗一次。