在养殖的水草的过程中，养殖者除了要考虑怎样养殖水草之外，还要重视水草的繁殖。当水草在水族箱中养护过一段时间后，就会变得枝繁叶茂，色泽翠绿鲜艳。此时养殖者就可以开始给水草进行繁殖了。而水草的繁殖方式主要有无性繁殖与有性繁殖两种。

水草无性繁殖是高等植物中主要的繁殖方法。主要是利用水草的根、茎、叶等营养器官的再生能力，发芽产生不定根，形成新的水草个体。例如浮萍科的裂片繁殖、莕菜无性的殖芽繁殖、水生蕨类的孢子生殖和不定芽生殖、莲的地下茎、石蒜科水生植物的球茎、泽泻科的花轴不定芽繁殖、眼子菜科的越冬芽以及几乎所有水生植物所共同具有的匍匐茎和走茎繁殖。

水草的有性繁殖是通过开花、传粉、授精和结实白勺过程来完成水草的后代繁衍。水草也有雌雄之分，同一植株上既有雌性花又有雄性花，称为雌雄同株；雄性花与雌性花不在同一植株上的称为雌雄异株，它们的花为单性花。例如黑藻也是雌雄异株的水草，与苦草不同的是雌花只是在临近水面开放，雄花成熟后也冲破佛焰苞脱出，同时将花粉撒入水中，凭借花粉含有淀粉的重量，使花粉容易地下沉而落在柱头上来进行受粉，受粉后发育成果实。

一般来说只要环境适宜，水生植物只要有一段茎或一片叶子就可以繁殖成片的同种水草群体。尤其是它们的营养繁殖非常发达。如牛舌草、苦草、椒草类等水草的根部不断地萌发出新的嫩芽，而这些新芽离开母亲体后又能长出新的植株。再如，金鱼藻、莫丝等水草，当它们的分枝折断之后，每个分枝又可成为新的个体。此外，还有瓜子草，将它的叶子撕下来之后，叶片基部又长出新根，新根就可以长出新的植株。