CO2就是二氧化碳系统主要目的是为了让水族箱内的水草获得更充分的光合作用，因为二氧化碳可以加速水草的生长速度。CO2培养箱一般配一个水盘，用以维持很高的湿度。水盘内的水要定期添加，水盘也要定期清洗以避免微生物的生长。

为了减少微生物的污染，有一些CO2培养箱提供灭菌功能。有的可以加热到比较高的温度来灭菌，有的则通过让空气循环通过一个紫外线腔体的办法来灭菌，这样就灭菌时就不需要中断细胞的培养。

CO2培养箱的隔热采用水套式和气套式两种类型。气套式采用隔热系统和表面散热元件使培养箱内温度均衡，但是因为外部电热系统分布不均衡可导致培养箱内上下温度不一至，温差相对较大。水套式需要用户在安装培养箱时培养箱壁的空间内灌入大量蒸馏水。由于水的比热容很高，水套式的优点是有助于均匀散热和避免形成冷区，以及在断电后能够比较好的减缓培养箱内温度的降低。水套式因4周环水，所以温度均匀性很好。新型的CO2培养箱大多采用水套式。

为了避免污染，一般的细胞培养需要在超净台上进行。用于细胞培养的超净台的洁净度一般为100级，即每立方英尺中大于0.5um的颗粒数量少于100颗，与计算机硬盘的生产环境要求相当。在超净台内，过滤后的空气垂直由上到下，或水平由内到外稳定的流动，从而维持一个洁净的操作环境。根据气流的方向，超净台可分为垂直式层流和水平式层流两种类型。