花罗汉虽然身体强壮，环境适应能力强，抗病能力也不弱。但是受到水质环境、饮食、细菌、病菌传染等等各方面的影响，花罗汉也会生病。它们常见的疾病主要有，小瓜虫病、脱水病、烂口病、烂尾病、烂鳍病、口棉病、鳃病等等。

口棉病，主要是鱼儿的口唇部因捕捞运输时或在运输途中所造成伤害；细菌严重感染继而发炎；又或者是水痿病附著寄生。患病的花罗汉鱼口唇部出现潮红继而肿胀，进而有似棉絮状之物质附着，严重影响鱼儿的正常饮食和成长。

鳃病，主要是不适宜的水质环境所造成的伤害；被寄生虫的寄生感染；又或者是柱状菌及其他细菌感染。患病的花罗汉食欲完全丧失、体色变暗淡、鳃部肿胀，令鳃盖无法合壁、呼吸急促、困难、费力喘息之状况。

脱水病，主要是由水质不良所造成；又或者是细菌或元虫的混合所侵入感染。患有脱水病的花罗汉，腹部肿大，眼球凸出，或会呈现鳞片竖立如松果状的状况。

烂口病，主要因水菌的寄生所引起，水质恶化，令细菌容易繁殖，导致花罗汉容易换上烂口病。患病的鱼儿口部及鳃盖处呈似白棉花团状，逐渐被侵蛀且腐烂，食欲不振、动作迟缓。这种疾病容易传染，而且患病严重的花罗汉会迅速毙命。

白点病又称小瓜虫病，主要是由于寄生小瓜虫而产生的疾病。患病的花罗汉鱼表体、鱼鳞、眼部及鳃等各布满约0.5-1.0MM之小白点，继而破损溃烂破离，鱼儿身体发痒，并且会在石头上磨擦鱼体，鳃部大量寄生，增加黏液分泌，呼吸困难，最后窒息死亡。