新捕捉或空运回来的鱼，如未经隔离消毒，很容易把寄生虫、霉菌带入水族箱中。检疫是防止新鱼把病菌带入水族箱的有效手段。检疫的方法主要有以下几种： 
    1.设几个小水族箱，专供海水观赏鱼检疫用，容量40～60升不等，可根据鱼类的大小和数量而定，这种水族箱要装配外部过滤器（当使用药物时，过滤器中不要用活性炭），要安装充氧设备和加热管，以裸箱为好。
    2.把新到的鱼隔离两个星期，第一个星期是决定鱼的好与坏、生与死的关键，所有的新鱼均需隔离检疫，防止把病原体带入水族箱中，隔离还可以观察新鱼适应新环境的能力。
    3.当鱼类放入检疫水族箱时，要注意观察：①鱼有没有受伤、淤血和脱鳞的情况。②有没有呼吸急促，不断地把鱼体向箱底上摩擦或体表呈现明显的白点等现象。③皮肤上有没有灰白色的薄纱状东西出现。④眼睛上有没有白色膜。⑤鱼是不是喜欢在水面上停留。
    4.检疫通常用硫酸铜、甲醛清除鱼体上的寄生虫，以防止小白点病和大白点病，每天分几次检查铜离子浓度（保持在0.1～0.17毫克/升），尽量在3天内保持一定的浓度。硫酸铜可与37%甲醛或亚甲基蓝合用，但不能与抗菌药（磺胺药）合用。
    5.不要乱用抗生素，当鱼有病时，要对症下药，否则会造成抗药性病菌。新鱼有明显的外伤和细菌感染，应该使用抗生素。
    注意熟悉鱼类的习性，观察鱼在检疫期的行为。新鱼如在两个星期内情况良好，便可加入到水族箱内饲养。当一批鱼正接受检疫时，不要在同一个检疫水族箱中临时再加入新鱼进行检疫。