一、自然灾害
常见的有台风与洪水带来的流砂和浮泥等危害。应采取必要的防洪措施，如养殖区应避开主河道或修整河口，改直冲为斜流等。
二、敌害生物
一是水鸟和野鸭等，常成群结队来滩涂上啄食贝苗。二是肉食性鱼类，如虾虎鱼、黑鲷等，均不同程度吃食贝类。梭鱼在滩涂上舔食底栖藻类时，亦连同附着的贝苗一起吃掉。三是软体动物中的各种螺类，如扁玉螺、福氏玉螺、红螺及壳蛞蝓等是贝类养殖的大敌。防治方法：除水鸟驱赶和用猎枪惊吓外，可用钩钓和网捕捉；害鱼、杂蟹可用药物如“鱼藤精”、漂白粉等杀死；对一些有害螺类，主要靠人工捡除成螺、清除卵袋。玉螺类的卵袋呈砂质衣领状，可在7月～8月产卵季节时下滩清除。四是对章鱼、海星等的捕捉，前者可找洞穴挖捕或利用章鱼喜钻螺壳产卵的特点，产卵期利用红螺壳捕捉，后者可在日常管理中随时清除。捕到的海星，不可撕碎扔到海中，因其再生力很强，碎裂的每一部分可再形成新个体。
三、其他危害
一是附着生物，如藤壶、海鞘、苔藓虫等，侵占贝类固着基或附着在贝壳上，影响贝类的摄食、呼吸和生长；二是板结滩面，如海带草大量繁生，侵占了养殖滩涂，寻氏肌蛤（海皮癞、短齿蛤）大量繁殖，群体以足丝交错附着，使滩面形成一层厚厚的砂毯，覆盖着埋栖贝类，严重时造成贝类窒息死亡。清除方法：可翻滩去除海带草的危害，产卵前扒除寻氏肌蛤，用作对虾养殖的鲜活饵料。
