硝化细菌在自然环境中，河流经过的地方附生的大量有益菌群，他们可以将水中生物所产生的代谢物及外来污染物分解。以保持水质清洁、无害。在水族箱中建立有益菌群，可以长时间保持水质，不用经常换水。在水族箱中添加硝化细菌是建立生物分解系统的捷径。市面上销售的硝化细菌主要分为两类，活性硝化细菌和人造硝化细菌。活性硝化细菌是以活体菌群作为主要物质。人造硝化细菌则是以促进水中已有硝化细菌生长的物质。活性硝化细菌起效时间短，根据水温通常在2-5天内即可，水温在25-30度作用最为明显。但是保存时间短，通常不超过12个月。人造硝化细菌由于不含活性菌株，保存时间长，通常在2年左右。但是起效时间较长。在建立生物系统前，可以结合使用水质澄清剂使用。