在水族界中常听到的“硝化菌”一词，乃是狭义的指微生物各项功能中对于硝酸系列的硝化作用，而忽略了其他各项功能的微生物。将纤维素等化合中的水氧基，以硝酸机制换为硝酸酯，而硝化菌就是将阿摩尼亚经由亚硝酸，氧化为硝酸的反应称为硝化作用。EM以生成抗氧化物质进行中繁殖，同时接连不断的分解有机物而不释出人们讨厌的臭气，将物废物分解且形成回归自然的有用元素。其功能与ＰＭ相反。生物体所含物质（糖、蛋白质、脂肪等）、残饵、残叶等在水中少部分由生物代谢外，大多数含有毒性的污染物（氨、亚硝酸、硫化氢等）仍依赖有益的、有效的微生物予以分解利用转换为低毒性的硝酸盐，因此，EM可说是水族中的清道夫。水族缸的水质恶化，大多归咎于投饵过多沉淀腐烂，或鱼只粪便未予吸出换水等，导致浮游生物、有害微生物（含病源体）异常繁殖，以致浮游水中的藻类光合作用及厌氧性细菌繁殖，进而演变成危害缸中鱼虾的氨、亚硝酸、硫化氢等浓度增加。当水质恶
化时，不能依赖药物控制抵销，因使用药物反而破坏水缸的生态平衡。水缸中担任分解过滤的微生物，可分为两大类：*氧气生存的嗜氧性微生物，与不需氧气的厌氧性微生物。硝化菌属于嗜氧性的微生物，以利用氧气将对鱼虾有害的阿摩尼亚、亚硝酸予以氧化转换为无毒的硝酸盐。而将硝酸盐还原以氮气脱出的氮菌，即属于厌氧性微生物。嗜氧性与厌氧性微生物共同生存于过滤器的滤材内，担任著水缸中生态平衡的重要任务。
EM的功能
有益微生物除上述的功能外，还有其他的许多功能，以下将介绍水缸中常使用的微生物，并介绍其功能：
酵母菌（Yeast bacteria）
1.促进有机物的溶化。
2.可将葡萄糖以一次代谢形成“丙酮酸”，丙酮酸是好氧性醋酸菌及厌氧性酪酸菌所需要的基质（微生物的食粮）。
3.二次代谢实行成贺尔蒙、维他命、核酸等生理活性物质，为提供并促进植物生长的成分。
乳酸菌（Lactic acid bacteria ）
1.增加光合成菌的作用，并做半腐态有机物的分解。
2.乳酸菌（属益菌类），可将镰胞菌（Fusarium）杀灭。 3.消除水中恶臭气体。 4.促进有机物的发酵分解。
光合成菌
存在于自然界中的厌氧性有益微生物，能在光照下或缺氧中进行分解有毒物质。目前水族界较常利用的光合成菌以：红色硫磺光合成菌、红色非硫磺光合成菌、绿色硫磺光合成菌为主。高浓度的光合成菌液体呈现扑鼻的水沟臭味，约以一滴（１/２３Ｃ.Ｃ）使用于１００公升水缸。业者出售时，以培养至去势阶段（消费者不能再予以繁殖），冲淡後装瓶出售。
其功能为：
1.促进植物的光合成作用，强化水草本体对维他命Ｃ及Ｅ倍数的形成。
2.依生态连锁作用来安定ＰＨ值及溶氧量。
3.分解鱼只排泄物、死尸、残饵、腐叶所产生的有害物质，减低阿摩尼亚、亚硝酸、硫化酸、有机酸等。（光合成菌以吸收此为营养基质，并从NO2、NO3中夺取氧而释放氮，逸散于空气中。）
4.分解水中硫化氢後，可防止根丛腐烂。
5.抑制底砂中病源性有害细菌的繁殖。（与放射菌之功能相同）
6.可改善水质，使水质澄清、鱼只食欲旺盛、鱼只活泼体色鲜明、水草色泽鲜艳。
固态氮菌（氮固定菌）（azotobacter：azotobacteria）
1.具氮固定作用，使植物易吸收，避免氮流失。
2.将空气中的氮气吸收而与脂肪酸合成。一呼吸作用放出“二氧化碳”，制造光合成菌的基
质（微生物的食粮）与生存环境。光合成菌依此基质吸收太阳热能合成糖类，在无氧呼吸中产生氧气，作为氮固定的基质与生存环境。（氮固定菌呼吸作用产生“二氧化碳”，形成无氧状态供给无氧呼吸的光合成菌繁殖）
放射菌
分解有害物质成为有利植物光合作用的光合成菌，同时具有驱除有害病菌的抗菌作用，达成抑制腐败菌的繁殖。使水草叶壁节坚韧不易掉叶。
丝状菌 抑制病源性细菌，并促进有机物的可溶性。 枯叶杆菌
1.杆菌分泌“酶质”（如蛋白酶），分解磷酯连结之化合物，如核酸。分解水中有机质、氨、NO2。
2.另一种厌氧性杆菌在厌氧条件下（如旧水草缸底床），能产生维他命Ｂ12，供给水草及有益微生物利用。
麴菌
1.利用残饵中的碳水化合物为本身的养分，以降低水中污染物，防止霉菌繁殖。
2.能分泌各种的酶质（如蛋白酶）。分解水中蛋白质、纤维素、胶质、脂质等。
一个美丽动人的水草缸，是水草爱好者所追求的目标。但在水缸中，有著令人难以掌控的因素，也潜伏著难以预料的危机，而最大的关键就在于“水质”。水为溶媒体，有溶解各种物质的特性。人们生活中所使用的水，并非纯粹的纯水水质，尤其一般人所使用的自来水，经水厂处理後，除了含有各种物质外，还残留对水草或鱼只有害的氯气。因此，欲知水草缸中所含的各种物质及含量，了解水缸中水质是否真的清澈，或为污秽，此为作水质测量的目的。所谓预防重于治疗，在以下将为您介绍一些似乎陌生的名词，但却是为水草缸把脉的重要指标。电导度ＥＣ：电导度：Electrical Conductivity何谓电导度?导电率为电流的流通状态，称之电流的传导度（或称导电率、电导度）。因溶于水中电解物质即有电流，因此导电率越高的水质其离子（ion）电解质含量越高。而离子越多则水的污秽度越高，可谓导电度为水的污秽度指标。测试缸中水质的ＥＣ值的有效浓度（effectiveconcentration）。
