清晰与混浊在水草缸中，水草、鱼虾、微生物三者是相互共存的，当生态达到良好的平衡状
态时，水质则呈现闪烁的透明水。在旧水缸水质产生变化，或新设缸生态尚未健全时，易发生水质混浊；虽然在更换新水後的一段时间水质会澄清，经数小时後仍呈混浊状态，其原因是未经消毒处理的新水注入或新鱼只、新水草移入时，所附著的浮游生物、藻类、藻类孢仔、原生动物........等进入水缸；或鱼饲料的投入超量，沉淀腐败有机物及细菌在突然间增多时，原来水缸中正常量的微生物群一时无法分解过多的有机物，而使得水质恶化，导致水质混浊。严重时尚带有异味散发于空气中。白浊的水质白浊的水质通常出现在初设缸时，一般多是因为原生动物的繁殖，造成水质白浊，但也有少部分是因为使用砂石中所含石灰质造成的白浊现象。一般性状况为初设缸後次日起，因水中生态未建立，显现白色水质，倘未予即时处理时，至第四天水质便成走动状（水流）的白云雾状。生物性的白浊发生原因初设缸的鱼饲料投入过剩，过滤器内的硝化菌稀少，在同一时间内无法分解多量的有机物，引起剩余有机物的超量现象，使以有机物为食物的浮游生物繁殖，当浮游生物繁殖多量时，捕食浮游生物的原生动物就出现，当原生动物的繁殖数量多，整缸的原生动物所呈现的就是白浊的水色，此乃导致水质白浊的因素。另外，附著于砂粒中的浮游生物遇水後即大量繁殖，因而捕食此浮游生物的原生动物会大量繁殖，也是造成水质混浊的原因。其他如；生鲜冷冻的红蚯蚓、活水蚤或活丝蚯蚓等，未经消毒就予以投饵入缸，所带入之浮游生物繁殖，造成原生动物数量增多，亦为混浊原因之一。
解决对策发生因生物性引起的白浊水质时，提供以下的解决方法：
1.投入EM群，以分解水中的有机物，转换为水草养分（生物法）。
2.过滤器内装置吸著力强的过滤棉（如羊毛绒、极细孔泡棉、木碳粉块＼包等）以快速吸附水中的有机物。最好的方法为借重水槽生态良好的过滤器（过滤材中附著众多的有益微生物）效果更佳（生物法＋物理法）。
3.投入酵素于水中。可迅速分解水中有机物，消除後，使水中浮游生物无法生存而减少，配合有益硝化菌繁殖时，水质就会澄清。（水质澄清剂有EM、酵素、粒子结合凝结沉淀剂等之分，请勿混淆）
4.水质严重恶臭时，以臭氧（Ｏ3）打气，将沼气氧化，使恶臭消除并且杀菌，可使水质澄清。
5.ＵＶ杀菌：放入缸中的鱼体附著的纤毛虫大量繁殖所引起的水质混浊，除了勤于换水外，可用水族用紫外线杀菌灯，将水中纤毛虫、浮游生物杀灭，使水质澄清。（物理法）
6.水质混浊期间，别忘勤于换水为上策。
石灰质白浊新设缸的底砂于入缸前虽有清洗，但砂粒中原来暴露于空气中包装袋内的砂粒氧化所产生的遗留石灰质入缸加水後，部分的砂粒仍有继续溶解砂中的石灰质，导致水质混浊。通常会造成混浊可分为三种颗粒：大颗粒悬浮：通常会自行沉淀。 小颗粒悬浮：悬浮于水中，须*换水稀释，使水质澄清。胶质粒悬浮：无法自行沉淀，且*换水亦无法得到良好的效果，此时需使用化学性的分子性凝结澄清剂，使水质澄清。（通常会造成胶质粒悬浮为使用
的砂石所产生之故）使用化学分子凝结澄清剂，待水质澄清後，要将沉淀于底床的沉淀物以水管吸除乾净。水质pH值高于7.2时，投入化学肥料（尤其化学的螯合钾），仍会使水质暂时起白雾（呈白色混浊），六小时後自然澄清。绿色与褐色混浊一般在低地沼泽或湖泊的水会呈淡茶色或绿色混浊状，这是水中浮游的藻类(植物性浮游生物)所致富营养化的湖泊，植物性浮游生物的量会遽增。在水草缸中也一样，鱼只的数量过多、过滤功能变差、太阳光线的照射或过多的光量，都会导致植物性浮游生物（藻类）的急遽繁殖而可能造成”绿水”或”黄绿水”，如果有此情形发生必须作到彻底换水、有效控制鱼只数量及防止直接或间接阳光的照射。水草缸的使用水，一般以自来水、山泉水、河川水为来源。欲将原水注入水缸前如未将浮游于水中的藻类或孢仔杀灭，而直接注入水草缸中，藻类孢仔由于水缸中的光源配合养分的吸收而繁殖，导致水质混浊绿色化或黄褐化。倘不幸注入的水中含有多量具有毒性的藻类，则会导致鱼虾、水中生物致死，但不自知者比比皆是。毒性藻类诸如典型的绿色鞭毛藻、褐色鞭毛藻、黄色鞭毛藻、蓝藻（并非全部蓝澡皆有毒性，仅部分品种的蓝藻具有毒性）、涡鞭藻等皆是。混浊的原由大致上产生黄绿褐色水的原因，系采用上游水源。上游水源中含有果园、高尔夫球场草坪等，施用的高氮、磷肥为主的成分，如逢水草缸中的环境不佳，诸如：
1.新设缸硝化系统尚未建立，导致有机物分解不完全，硝酸浓度＞50mg/L时。
2.为了提高硬度而误用pH＞7.5的珊瑚砂时。
3.光线不足，导致水草未行光合作用未冒泡（水中溶养量不足），硝化菌繁殖差时。通常发生于未经处理的原水注入，同时配合足量的光源与肥料（养分），即产生一日之间成为绿茵茵的藻华水草缸

水中含氮时，会产生阿摩尼亚，继而产生亚硝酸。阿摩尼亚的浓度太高时，则会造成水中毛澡及蓝绿藻的繁殖。当亚硝酸的浓度太高时，则水中褐澡就容易繁殖。藻类繁殖速度令人咋舌，一日之间，约五小时一次的开平方方式繁殖，开平方为１分为２，２分为４，４分为１６，１６则为２５６（视光质、二氧化碳、肥料、水温而异）。磷（Ｐ）的来源在水草缸中藻类的滋生，是水草爱好者最大的困扰，而藻类最主要的食物来源就是”磷”（Ｐ），要避免藻类滋生，应先了解藻类主食“Ｐ”的来源，以杜绝藻类繁殖。以下为Ｐ的来源：令人可怕的是外行人出售或购买水耕型配方的巨量元素肥料，其Ｎ、Ｐ、Ｋ（氮、磷、钾）含量中Ｎ、Ｐ均为水草缸藻类的祸首。采用河川水时，水中尚含有洗濯用合成剂的磷（漂白衣物）或生活废水流入河川时亦然。人工饲料中含有磷成份的鱼骨粉、虾壳粉……等的含量过多时，易产生藻类。消除混浊要消除因藻类所造成的混浊，可考虑以下方法：
1.使用紫外线杀菌灯，杀灭水中藻类等。
2.水中含磷量尽可能为0，或应低于0.02mg/L，最高勿超过0.2mg/LP，否则难以控制藻类滋生。
3.化学剂，如铜元素可杀死藻类，量多时会影响水草，使水草停止生长或使水缸中有益微生
物死亡。（如非不得以不赞成使用）
4.以矽藻土为过滤器滤材，过滤并强力吸附水中藻类。注意ＣＯＤ（化学需氧量）质之检测与控制。
5.投入生饵（含冷冻生饵或活性红蚯蚓等）後切记，应于事後吸取沉底的饲料及更换水。
6.泥炭苔作为滤材，可将高pH质下降。
7.用臭氧机打气，可将水中过剩的氮、磷肥氧化。于水质澄清後投入正统的液肥。Ｏ3可灭菌、灭藻、氧化重金属及农药成分，去除氨（毛藻、蓝绿藻）、ＮＯ2（褐藻）。
EM与水质日常生活中所使用或食用的新鲜物质，在短暂的期间内即腐败、恶臭而不堪食用，包括暴露于空气中的物质或液体，均为大自然中有害或有益的微生物所左右。而这些微生物在水草缸中扮演何种角色？有何影响？以下将为你介绍：何谓EM？ Effectivemicro-Organisms：简称EM，就是有效益性的微生物群。微生物为人类肉眼不能观察的到之微小生物，统称为微生物，包括真核生物的藻类、原生动物、真菌、原核生物的细菌、蓝藻菌等。细菌（微生物）存在于自然界，可利用于食品加工、堆肥、水质净化等。在自然界中筛选出具“安全性、有用性”的优良细菌，加以繁殖培养为有效益的微生物。细菌概略可分为酵母菌、乳酸菌、光合成菌、固态氮菌、放射菌、丝状菌、枯叶杆菌、麴菌等，以上使用于水族界，其目的主要以分解水中有机物或抵销有害物质。有机物在分解的过程中，以氧化过程（有氧状态）与发酵过程（无氧状态）两种方式进行，分别为嗜氧性微生物与厌氧性微生物在进行分解工作。当有机物在分解时产生恶臭的原因是因”有害的厌氧性菌”，在分解时产生阿摩尼亚或硫化氢等所引起的。