过滤桶工作原理是：在虹吸和水泵产生负压的双重作用下，水流从鱼缸经过滤桶通过滤棉等过滤材料，经水泵推动，送回鱼缸。先说虹吸，因高度差，在大气压力作用下，从高处流向低处，最高可接近鱼缸中水平面，根据管路阻力不同而不同，但绝不会形成循环。在密闭的滤桶内由于虹吸可以产生压力，根据资料这种压力方向指向各个角度，而合力为零，不能推动水泵叶片转动，在这种条件下，因虹吸产生的压力，不能做功，只有靠电能推动水泵推动水流，返回鱼缸，这也被试验所证实。大部分成品过滤桶，水泵装在桶的上部，缩小高度差，如果说过滤桶节能，就是水泵的安装位置比底滤高一个桶。也有例外，富华滤桶有几款水泵是装在底部。

在特殊情况下虹吸作用会节能，例如：不考虑流量，不考虑连续工作情况下，如果水泵位置到鱼缸水面1.8米，在敞开式容器收集10公斤水，要送回鱼缸要做1.8*10公斤米的功，在离水泵位置1米高处，收集由虹吸流下来的水10公斤，要送回鱼缸要做0.8*10公斤米的功，两种方式相差10公斤米的功。大部分成品过滤桶，水泵装在桶的上部，可能也是考虑了这个因素，缩小高度差。