藻类过度滋生可说是一个管理迷你珊瑚生态缸最常面临的问题之一，这个问题事实上会发生在所有的珊瑚礁岩水族箱，只是程度上的不同而已，从最轻微的正面玻璃上金黄色矽藻的生长，到整个活岩石和软体上面完全覆盖丝状的藻类都有。
虽然藻类过度是让许多爱好者头疼的问题，不过，降低藻类问题的治疗方式很多，包括了：化学方法、物理方法以及生物方法，每一种方法的代价和成果也都不一样。

长满巨型藻类的水族箱，虽然好看，但也是一大危机。

虽然我们一般所谈的藻类指的是微细型的藻类，但任何型式的藻类都会发生爆发蔓延的问题，既使是微细型的藻类或者是巨型的藻类，都无法避免。然而，所有的藻类都有一个共同的特性，那就是他们的任务就是为了要产生更多的藻类。籍着本身同一的构造，藻类造成了残渣的沉积，同时也让养分沉积在自己的基部和被附着的物体上面。我们的看法是：除了CORALINE和CALCAREOUS等的石灰质藻类以外，当所有的藻类都清除了，水族箱才会变得比较健康而且问题也比较少。这是因为族群庞大的巨型藻类（例如：蕨藻属CAULERPA SP.）具有造成PH值变动的能力，况且也会聚积残渣在自己的走茎和附着物体上面。除此之外，一个水族箱的巨型藻类生长，如果维持在最低限度时，看起来也比较自然，也就会更象大自然中的珊瑚礁海域。因此，如果我们想借用藻类来降低硝酸盐的功能时，可以把巨型藻类种植在一个分开的水族箱中或者是放于藻类过滤器里面。

藻类的发生

在藻类问题可以有效地清除或者降低以前，我们要先认清其造成的原因。此外，在处理这些原因的时候也要注意不去伤害到水族箱里面的单细胞虫黄藻以及其它我们想要的生物，至于化学方式的除藻剂，在此我们就不使用了。在迷你珊瑚礁水族箱中最常造成藻类大量滋生的原因是整个系统中的营养过剩。这个情况从放入活岩石的时候就开始了，活岩石里面富含各种养分，后来又不断有新的物种、食物，有时候甚至是不需要的添加物质一直加入到水族箱里面所造成的。所以说，从迷你珊瑚礁系统开始设立的时候，我们就要去做许多工作来降低水族箱中剩余营养的出现。

藻类生成的三大原因

在刺激藻类滋生爆发的养分中包括了三大要犯：磷酸盐、硝酸盐和矽酸盐。