为了保持水质清洁和维持鱼所需生态环境。因为鱼会排出粪便，喂鱼投料会留下残存物质，使水中的杂质含量不断增多，造成水质变坏，对鱼造成损害。

1、彻底清除鱼便和杂质，保持水质清洁纯度;

2、造就水体生态环境，满足鱼的生存需求。

一般采取物理过滤和生化过滤两种手段。物理过滤是清除水中杂质颗粒，以保持水体清洁纯度，避免杂质存留产生有害污染而损害鱼的健康;生化过滤是利用有益微生物(主要是硝化菌)化解物理过滤所残留的细微杂质，将有害物质(如氨)转换还原为有益物质，通过生态循环，使水体适合鱼生存和健康成长。

没有本质上的区别，只有功能上的区别。两种过滤方式是一种互补关系，都是为了维持水质符合鱼的生存需要。物理过滤干的是粗活，把住过滤的第一道关，以清除水中杂质微粒为己任，生化过滤干的是细活，干物理过滤干不了的活，将有害物质转化为有益物质。

物理过滤的效果越好，过滤后残留的杂质越少，生化过滤的任务就越轻松，所需要的生化过滤材料就越少;相反，需要的生化过滤材料就越多。试想，如果没有过滤棉将杂质过滤掉，硝化菌要全部将不断增多的鱼便等杂质所产生有害物质分解掉，那将是一件十分困难的事，甚至是不可能的事。如果水体根本没有增加杂质带来有害污染，那还需要硝化菌干什么呢?