鱼病诊断的基本方法应采取由表及里的方法。即先检查鱼体外部，再检查鱼体内部;同时每一部位的检查，都是先用肉眼检查(简称目检)，然后再用显微镜检查(简称镜检)。检查时应着重检查病鱼的体表、鳃、肠道，这就是“三查”。

据一般经验，病鱼体表充血、发炎、鳞片脱落则为赤皮病;若病鱼鳃盖或鳍基部充血，表皮充血不明显，表皮发现肌肉呈点状充血或块状淤血则为出血病;病鱼腹部膨大，肛门红肿呈紫红色，轻压腹部有乳黄色液体流出为肠炎病;尾柄及腹部两侧有火烙样的红斑或表皮腐烂则为打印病;

生有棉絮状的白色物则为水霉病;体表液较多并有小米粒大小，形似臭虫的虫体则为鱼虱病;体表有白色亮点，离水两小时，亮点消失则为小瓜虫病;体表有白色斑点，白点之间有出血或红色斑点则为卵甲藻病;部分鳞片处发炎红肿，有红点并伴有针状虫体寄生则为锚头鳋病;鱼成群在水表面或缸周边狂游，且头部充血呈红色，死亡多且迅速，一般为车轮虫病;

病鱼尾柄表皮发白则为白皮病;病鱼在水中头部或嘴部明显发白，离水后不明显则为白嘴病;鱼下唇突出呈簸箕口状，则是水中时常缺氧浮头引起;病鱼眼球突出、脱落、且鳞片松立，一般为水有毒所致;鱼体呈弯曲状是水中重金属离子含量较高或有机磷中毒所致。

打开病鱼鳃盖，检查鳃有无异样，正常的鳃丝整齐、紧密，呈鲜红色。鳃丝腐烂发白，尖端软骨外露，并有污泥和黏液则为烂鳃病;鳃丝发白呈贫血状，很可能是鳃霉病或球虫病;鳃丝末端挂着像蝇蛆一样的白色小虫时则为中华鳋病;鳃部浮肿，鳃盖张开不能闭合，鳃丝呈暗淡色则为指环虫病;鳃丝呈紫红并伴有大量黏液则为有机氯中毒所致;鳃丝呈紫红色，黏液较少则为水中缺氧引起泛池所致。

打开病鱼的腹部，正常的鱼肠管中充满了食物或粪便，肠壁呈鲜肉红色。若发现肠管全部或部分充血呈红色，肠壁不发炎则为出血病;充血发炎且伴有大量乳黄色黏液则是肠炎病;肠道呈白色且前段肿大，肠内壁有许多白色絮状小结节为球虫病或黏孢子虫病。

根据“三查”所掌握的有关情况，再结合发病季节进行综合分析，就可以准确地诊断鱼病，从而做到对症下药，收到药到病除的效果。