在培育鱼类和水生植物的同时，我们也该重视其生存环境。水质不只受鱼类及饲料成分的影响，同时也会因植物的生长或死亡而改变；这些影响水质的因素或物质，有的份量较轻。有的却举足轻重。
● 鱼类改变水族箱中的水质 　　加入水中的人工饲料，对鱼类及水质都有绝大的影响。鱼类会消耗氧气并释放(排泄)大量的化学物质，如：尿酸、氮化合物(氨、亚硝酸盐)等。水中的细菌会分解这些物质的大部分，并将之转化为矿物质。当然，在分解的过程中亦得消耗大量氧气。慢慢地，水中的硝酸盐和磷酸盐含量就会升高，而碳酸盐硬度及酸碱值(pH值)就会下降。
● 水草改变水族箱中的水质 　　蔓生的绿色植物，尤其是茎状植物在白天会消耗二氧化碳，而全天都会消耗氧气以及有机矿物质。光合作用白天会释放氧气并吸收二氧化碳而导致水中pH值的升高，叶面上也会出现碳酸钙的沉淀。水中饵料过多的话，有时会导致植物生长停滞，待植物死亡后，其中贮藏的养分如淀粉等会释放于水中，致使水中养分增高，氧气含量则锐减。
● 何谓水族箱中的生态平衡 　　很多人深信。只要在水族箱中放养一定的鱼和植物。水族箱内的生态便可永保平衡稳定。其实并非如此。如果照那种方法来做的话。水族箱里的生态绝对是一种倾斜--面倒的现象。第一种可能是：鱼类占据了整个水族生态的优势。它们藉着充分的养料(如：硝酸盐和磷酸盐)而大量繁殖，所排泄的过多废物和毒素却阻碍了植物的生长。混浊的水质更促成了蓝藻、菌类及鞭毛藻类的过度繁衍，最后，这些藻菌会压倒植物而和鱼类称霸整个水族箱。第二种可能是：植物占了优势。它们消耗掉大部分的二氧化碳，造成碳酸化合物增加，而鱼类及细菌的养分都大量减少，最后整个水族箱生态均被迫停止生长。
　　为什么一开始妥善的安排，竟会演变出令人意想不到的结果呢?那是因为我们根本就不该奢望能一劳永逸地保持水中生态的平衡。
　　如果水中的生态失衡而呈一面倒的现象，用肉眼是很容易辨识出来的，问题是那时已"回天乏术"了，所以，一有失衡的倾向时，就应该密切注意。若要测知目前水中的优势是鱼类、藻菌或植物，可用滴定检验法。当水中磷酸盐含量高于0.1ppm且硝酸盐含量大于30ppm时，表示鱼类占了优势；反之则表示植物占了优势。
水中缺氧时，最明显的现象是早上发现鱼缸里飘浮著死鱼，或是鱼儿们在水面痛苦地挣扎呼吸。水中若是缺乏二氧化碳，则会在植物叶面或底部发现白色的碳酸钙沉淀，同时水的pH值也会升高。
● 氧气的需求 　　在植物占优势的水族箱内，要加装水流循环装置，促使植物形成的氧气完全溶解于水中，让鱼类及菌类都能得到供应，并可保持水质的清澈。而在鱼类占优势的水族箱中，则要加装流通式滤水设备、喷水装置以及渗透（或回转）式装置，一方面可过滤水中过多的排泄物及毒素，一方面则可增加水和空气接触的机会。
 ● 二氧化碳的需求 　　如果水中栽培的植物不多，而照明设备微弱，那么水中的二氧化碳倒是不虞匮乏；但若种了太多生长快速的绿色植物或色彩鲜丽的植物，最好定期在水中放置少量的干冰（固态二氧化碳），以防二氧化碳之不足。
 ● 植物所需之有机肥 　　在鱼类占优势的水族箱中，含有大量主要的有机矿物性养分，此时植物需要一些稀有微量元素肥料，如铁化物等，以促进其生长。反之，在植物占优势的水族箱中，几乎没有硝酸盐和磷酸盐的存在，因此必须小心施放饵料（切勿过量），以促进鱼类之生长。但是不要使用含氮、磷质的饲料，因为这些成份太强，会杀死水生植物。
● 水族箱中的过滤工程 　　装置过滤设备有几个好处，其一是它能清除水中污浊的成分，使水质看起来美观清澈；再者它可以防止污泥或细砂粒沉积在植物表面；此外，它还能促进水的持续流动，使鱼类及植物所需的养分，均可充分地散布水中；负责分解排泄物和毒素的细菌，也会寄居在过滤设备上（若无过滤设备，它们极不易在漂动的水中繁随），而不致散布水中，对鱼类产生威胁。