研究表明，从环境中分离筛选的菌种，其降解污染物的酶活性有限，要高效、快速超常发挥，就得用现代基因工程来改造微生物，形成基因工程菌，又称工程微生物。

运用生物工程技术，采用细胞融合、基因重组技术等遗传工程手段，可以将某种降解污染能力强的微生物的降解基因，转入繁殖能力强、适应性好的受体微生物中，构建出高效的具有广谱降解能力的基因工程菌。