花凤凰作为一种雌雄鉴别困难的鱼种，花凤凰的性别差异很微妙。成熟的雄鱼呈现一种较深的颜色，而且雄鱼比雌鱼略大一些。他们的显著特征是，生殖孔向后微微突出并下垂，指向臀鳍。而雌鱼的生殖腔白色不透明，总长几乎超出雄鱼的2.5倍，并也向后延伸向臀鳍。有时，生殖腔在身体下方延伸很长，几乎可以跟雌鱼的臀鳍接触。