水质的污染源的有：

水中的生物代谢产生了有机废物和无机废物，还有水体外界带入的灰尘和其他垃圾（如落叶等）。可分为有机污染源（影响美观）和无机污染源（影响水的酸碱度和硬度）。

有机废物：主要是粪便、死亡的水生动植物尸体、落叶，还包括微量的细菌的尸体、尿液中的有机物、从空气中落入的孢子等。有机废物本身在水中本来对水体的水质影响不大，主要是使水变得比较多较大的固体颗粒物，影响美感。
无机废物：主要是代谢过程中产生的无机盐类和空气中的灰尘，对水质的酸碱度和硬度有一定的影响。但由于量很少，所以不会对水质构成很大的威胁。

水质恶化主要原因：
有机废物被消化细菌分解成毒性较强的氨。氨在水中化合成毒性较强的铵。随着铵浓度的增加，水会发臭甚至刺鼻，对水中的动物有致命的影响。有机废物还是很多至病菌类的温床，很多至病菌类都以有机废物来繁殖生长的，这些至病菌类的浓度增加到一定程度将使水生生物患病以至死亡。

无机废物中也有带毒性的盐类，在分解有机废物的时候会有大量无机废物（亚硝酸盐等）产生，他们会对水中的生物带来危害。即使一些不带毒性的无机盐类，也会随着在水中的浓度增加而导致水的酸碱度和硬度变得无法让生物在其中生活。