要成功地建立有效的净水细菌的“生态系统”，必须注意净水细菌的添加方式以及添加的量。净水细菌的量多以及快速生长，可能有助于有机废物的分解，但过多的净水细菌数量竞相消耗有限的细菌营养物质，同样会导致它们的快速死亡。

    净水细菌在水族箱中有一个生命周期，当它们在被加入水族箱，并不是以一定速率增长繁殖。通常在最初时菌数保持不变，这是可能因为细菌适应新环境需要一段时间。

    此时，细菌的代谢反应正常进行，但细胞的分裂却是静止的。这个生长期称为迟滞期。到迟滞期结束之后，细菌的胞体以一定的速度不断分裂，其生长以及繁殖速度达到最大，并在数小时之内达到最高峰，然后细菌的数目又保持不变不再增加，这归因于环境的变化，特别是因为有些营养被消化完了。

    这种情况也是造成细菌死亡的原因之一，于是细菌开始死亡并数量锐减，假如确保还有一些细菌增殖的话，细菌的死亡将比新生细菌更快，一直到细菌减少到原来的数量为止。这个生命周期约几天至十几天，依水质条件来决定。

    净水细菌的添加时机如果能够配合其生命周期是最好不过了，即当它的数量正处于最少时再添加，不要等它繁衍到最高数量时再添加，这样一来反而会加速细菌的死亡速度。可是要真正地去了解它的生命周期是多久是极为困难的事，至少绝大多数的水族爱好者是无法观测注意到的，所以一般都是以定期添加为好。